1984 年，一群不想再按系划分问题的人，在新墨西哥州办了一所没有系的研究所
大学是按学科分楼的，而有一类问题不肯待在任何一栋楼里：经济怎么从无数个买卖决定里长出周期，免疫系统怎么在没有总指挥的情况下认出没见过的病毒，一门语言怎么在没人规定的情况下换掉自己的语法。这些问题共享的不是题材，是结构——大量会互动的部分，产生了任何单个部分里都找不到的整体行为。
1984 年，一批洛斯阿拉莫斯国家实验室的资深研究者（发起人是化学家 George Cowan，早期核心里有物理学家 Murray Gell-Mann、Philip Anderson，以及经济学家 Kenneth Arrow）决定给这类问题单独盖一所房子：圣塔菲研究所（Santa Fe Institute，缩写 SFI）。
它的思想底色可以追到 Anderson 1972 年那篇《More Is Different》：每上一个层级，都会出现新的规律，而这些规律不能从下一层的方程里推出来——所以"把物理学做到底就能解释一切"这条路线在层级面前是断的。既然如此，就需要一批专门研究"层级之间"的人。
第 3 条是这套办法真正的机关。跨学科对话最常见的死法是各说各的隐喻，谁也没法证伪谁；而一个写成代码的模型强迫每个人交出可检查的东西——规则是什么、跑出来是什么、哪一步和现实对不上。模型在这里的作用与其说是解释世界，不如说是让不同学科的人有一个能吵架的共同对象。
1987 年，SFI 把十位物理学家和十位经济学家关进了同一场为期十天的研讨会，成果结集为《作为演化中的复杂系统的经济》（1988）。那场会的后果之一，是一套用"会学习的主体"取代"全知理性人"的建模路线——后来的人工股票市场模型（Arthur、Holland、LeBaron、Palmer、Tayler）就是从这里出来的：让每个交易者带一套自己的预测规则、按赚赔淘汰，价格便自发出现了真实市场里那种波动率成簇、技术分析自我实现的特征。
此外还有：Holland 的复杂适应系统框架与遗传算法 → 参考 · 遗传算法、Kauffman 的自催化集与 NK 景观、West 关于代谢与城市的规模律、Mitchell 那本被当作标准入门的《复杂》。以及一个副产品："复杂性科学"这个自我认同本身——1992 年 Waldrop 的畅销书《复杂》把这群人写成了一个学派，此后这个名字就固定下来了。
SFI 不是一个模型，它不解释任何自然现象。它解释的是学科史上的一件事：为什么"幂律、网络、临界、适应"这几样零散的工具会在 1980 年代末聚成一个自称的领域，而不是继续各归各系。
答案里有一部分很不浪漫：谁在场、谁带着什么手艺来。创始者多是核武实验室出身的物理学家，手上有当时罕见的计算资源和一套"抓住主导机制、忽略细节"的物理习惯；经济学与生物学提供了不肯就范的现实问题。这个组合决定了这门学科先问什么、后问什么——它偏爱能被最小模型抓住的机制，也因此长期弱于制度、文化、意义这些不肯被最小模型抓住的东西。知道这一点，就能理解为什么复杂性科学在某些题目上锋利、在另一些题目上迟钝。